1、做功不平衡：
这是三缸发动机最明显的缺陷，少了一个缸，在做功时会出现做功不平衡的现象，做功不平衡会导致发动机在运行过程中出现抖动现象，噪音相对来说比较大，这也是厂家最需要解决的难题，现在的生产技术逐步提升，用平衡轴技术解决了振动强度过大的问题，但还是要比四缸、六缸等发动机的振动要大。
2、制造、维修成本高：
三缸发动机为了能够达到四缸发动机的能量输出，肯定是要采用更高的技术和生产成本，同时还要解决发动机在动力输出时的抖动，因此在汽车的制造成本和维修成本上要比普通四缸发动机高，需要车主在购买汽车时谨慎选择，避免将车买回家又出现后悔的情况，处理起来相对麻烦一些。
3、起步、加速性能一般：
因为少了一个缸，因此汽车发动机的进气量相对较少，在起步、加速性能上表现并不是很好，对于追求汽车动力的消费者来说，这一点确实不能接受，但是正是因为少了一个缸，所以在日常的油耗还有排放上，三缸发动机做的还是不错的。
